Este artículo examina los sistemas de evaluación para el otorgamiento de estímulos al desempeño docente en dos universidades públicas mexicanas: una en el estado de Yucatán y otra en el estado de Campeche. La recogida de datos involucró análisis documental y entrevistas a docentes y administradores, así como un análisis de las principales barreras para la evaluación con base en el trabajo de Stake, Contreras y Arbesú (2012). Los resultados permitieron identificar fortalezas y debilidades de del sistema de evaluación, así como recomendaciones para su mejora. Se requiere realizar evaluación del sistema con base en los estándares de evaluación de personal docente y sobre su validez acorde al contexto.