El presente trabajo analiza la investigación que se ha llevado a cabo en México con relación al uso y efecto de los plaguicidas en el ambiente y salud humana. Se revisaron 394 artículos publicados en los últimos 20 años en revistas indizadas o arbitradas. Las publicaciones se agruparon en 7 temas principales: 1) patrón de uso de plaguicidas, 2) efectos en el ambiente; 3) estudios ecotoxicológicos; 4) exposición en población humana; 5) residuos en alimentos; 6) toxicología de plaguicidas (estudios in vitro e in vivo); y 7) bioplaguicidas y biorremediación. El análisis de estas investigaciones indican que actualmente se utilizan Plaguicidas Altamente Peligrosos (PAPs) en las zonas agrícolas del país, su uso histórico y actual se relaciona con efectos negativos en ecosistemas terrestres y costeros, se han reportado efectos en la salud de los trabajadores agrícolas y sus familias, tales como alteraciones hematológicas, hormonales, daños genéticos, alteraciones del comportamiento y daños celulares; los niños constituyen el grupo más vulnerable a la exposición, además se han documentado daños genéticos, reproductivos y neuronales en modelos celulares y en organismos de laboratorio y se reportan residuos en alimentos como leche, hortalizas y granos. Como medidas de mitigación, se documentan procesos de biorremediación de suelos y agua contaminada, así como el uso de bioplaguicidas. La recomendación principal de este trabajo para las autoridades regulatorias y los tomadores de decisiones, es la implementación de programas de registro de plaguicidas (tipo y volumen) utilizados en prácticas agrícolas y control de vectores de enfermedades, como punto de partida para dimensionar la problemática ambiental y de salud humana que representa el uso actual e histórico de plaguicidas en México.