La grave crisis interna generada por la visita de Pedro de Medina Rico (1654-1662) movió los cimientos de las estructuras del Tribunal del Santo Oficio en Nueva España. La profunda inspección había descubierto graves irregularidades que incidieron en la introducción de importantes cambios. Una de las mayores incidencias consistió en la fuerte crítica acerca del reducido número de comisarías existentes en el distrito, motivando que los inquisidores abandonaran la política mesurada que había distinguido a la institución. Esta coyuntura inauguraría una época distinta en la historia de las comisarías que sustituiría el modelo de crecimiento controlado por un modelo orientado al despliegue total y sin control hacia todos los rincones del distrito inquisitorial.
