El mal uso de los plaguicidas en las actividades del campo propicia la contaminación de fuentes de agua para consumo y problemas de salud. Las camas biológicas son una alternativa viable para minimizar la contaminación por plaguicidas producto de las actividades de preparación, uso y mantenimiento de instrumental de aplicación. En este estudio se determinó el uso y manejo de los plaguicidas en una zona agrícola del estado de Yucatán. Se desarrollaron estudios de comportamiento de los plaguicidas en suelo agrícola, composta vegetal, bagazo de henequén, rastrojo de maíz y algas para determinar la fracción volátil, soluble y remanente para diferentes tiempos. Se probaron 12 mezclas de sustratos (biomezclas) para tratar una mezcla de cinco plaguicidas (2,4-ácido diclorofenoxiacetico “2,4-D”, atrazina, glifosato, carbofuran y diazinon) durante 41 días. Finalmente se realizaron estudios para determinar la diversidad microbiana presente en los procesos de disipación. Los resultados mostraron un problema en el uso y manejo de los plaguicidas que implican un riesgo para la salud de los agricultores y la contaminación del ambiente. Los estudios de comportamiento mostraron que el diazinon y el carbofuran fueron los plaguicidas más volátiles, el glifosato el que tuvo el mayor remante en los diferentes sustratos y el suelo el sustrato donde el plaguicida se recuperó menos en la solución de CaCl2. Los estudios de disipación corroboraron la eficiencia de las camas biológicas para tratar altas concentraciones de plaguicida en corto tiempo al registrarse disipaciones mayores al 99% a los 41 días. El tiempo, tipo de biomezcla y tipo de plaguicida mostraron ser significativos (P<0.05) en la disipación de los plaguicidas. Los análisis de ADN identificaron la presencia de hongos, bacterias y archaeas; se corroboró la presencia del hongo de pudrición blanca tan citado en los sistemas de cama biológica. En conclusión las nuevas biomezclas fueron eficientes, lo que hace de las camas biológicas sistemas rentables y eficientes para prevenir la contaminación de agua y suelo por plaguicidas en el sureste de México.